MainprogramOPEN<-function()

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#Author: Ciprian Craniceanu
#e-mail: ccrainic@jhsph.edu
#Last revised: December 29, 2005
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#Description: 
#	1. Fits measurement error model for the OPEN data. WinBUGS model is stored in file 
#	   OPENdata_model.txt
#	2. The mean and standard deviations of the outcome model parameters are stored and returned 
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#Input:
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#Output:
#	1. output.Bayes:	An Nsimulations*20 matrix containing the posterior mean and standard 
#				deviations of the parameters of interest. 
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#Call:
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#MainprogramOPEN()
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{#begin function

#Uses R2WinBUGS as an interface between R and WinBUGS
library(R2WinBUGS)

#Define the constants of the data and model
Nobservations=223
nalphas=3
nbetas=2

#Load and assign data
data.OPEN<-read.table(file="C:\\pctex_Raymond_Carroll_directory\\papers\\R2WinBUGS\\OPENdata\\simulatedOPENdata.txt",header=TRUE)
attach(data.OPEN)

output.Bayes<-rep(0,20)
dim(output.Bayes)<-c(1,20)


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#Define data, initial values and parameters to be monitored in the Bayesian analysis 
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#Data
	data<-list("BMI","AGE","logprotein1","logprotein2","logFFQ1","logFFQ2","Nobservations","nalphas","nbetas")



#Initial values
	inits<-function(){
	list(lambda=0.5,taueps=0.1,taux=0.1,taur=0.1,alpha=c(0,0,0),beta=c(0,0))
	}

#Parameters
parameters<-list("alpha","beta","attenuation","sigma2eps","sigma2x","sigma2u","sigma2r")

#Run the Bayesian analysis of the Framingham data. Use 10000 burn-in and 300000
#simulations from the posterior distribution of the parameters given the data.
#Retain only every 60th simulated sample

date()
fit<- bugs(data, inits, parameters, model.file = "OPEN.txt",
         n.chains = 1, n.iter = 100000, n.burnin = 10,
         n.thin = 100,debug = FALSE, DIC = FALSE, digits = 5, codaPkg = FALSE,
         bugs.directory = "c:/Program Files/WinBUGS14/")
date()
attach.all(fit)

# Ray Code Here
results<-fit$sims.matrix
write.table(results,file="OPEN_Raystable.txt")


output.Bayes[seq(1,20,by=2)]=c(fit$mean$alpha,fit$mean$beta,fit$mean$attenuation,
fit$mean$sigma2eps,fit$mean$sigma2x,fit$mean$sigma2u,fit$mean$sigma2r)
output.Bayes[seq(2,20,by=2)]<-c(fit$sd$alpha,fit$sd$beta,fit$sd$attenuation,
fit$sd$sigma2eps,fit$sd$sigma2x,fit$sd$sigma2u,fit$sd$sigma2r)

write.table(output.Bayes,file="OPEN_Bayesbetaparametersoutput.txt")
return(list(output.Bayes))





}#end function